水利部国际合作与科技司
负责部机关和直属单位外事工作;承办政府间水利涉外事宜,组织开展水利多双边国际合作,归口管理涉及港澳台地区水利交流工作;指导水利系统对外经济技术合作交流及引进国外智力工作;承办国际河流有关涉外事务,研究拟订国际河流有关政策,组织协调国际河流对外谈判;负责拟订水利科技政策与发展规划并组织实施和监督检查,组织重大水利科技问题研究工作;负责水利科技项目和科技成果管理的工作,组织开展水利科技评估、科技奖励、技术引进、科技推广及科普工作,承担水利部科学技术委员会的日常工作;组织指导水利科技创新体系建设,指导部属科研院所的有关工作,指导重点实验室、工程技术研究中心等科技创新基地的建设与运行管理;组织拟订水利行业的技术标准、规程规范并监督实施,归口管理水利行业计量、认证认可和质量监督工作;承办部领导交办的其他事项。

司长:金海  一级巡视员:李戈  副司长:倪莉  二级巡视员(副司级):钟勇  副司长:曾向辉

综合与技术监督处
负责司内综合工作,负责组织拟订水利行业的技术标准并监督实施,归口管理水利行业计量、认证认可和质量监督工作。
科技一处
负责拟订水利科技政策与发展规划并组织实施和监督检查,组织实施重大水利科技问题研究,开展相关科技项目管理工作;组织指导水利科技体制改革,指导部属科研院所的有关工作。
科技二处
负责水利科技成果管理,组织开展水利科技奖励、技术引进、科技推广及科学普及工作,承担水利部科学技术委员会的日常工作;指导重点实验室、工程技术研究中心、野外观测站等科技创新基地的建设运行与管理。
国际合作一处
负责组织开展水利双边交流合作,通过建立固定双边机制为政府部门、科研院所、企事业单位对外交流搭建平台;归口管理世界银行、亚洲开发银行、全球环境基金等国际金融组织贷、赠款项目;指导水利系统对外经济、技术、援助合作,监督境外安全制度建设;组织管理水利国际科技合作活动,推动水利科技水平与对外影响力的提升;审核双边交流、技术合作及海外工程项目类出国(境)团组任务。
国际合作二处
负责部机关和直属单位外事管理工作;承办政府间多边水利涉外事宜,组织开展水利多边国际合作;归口管理涉港澳台水利交流及水利系统引进国外智力工作。
国际河流处
承办国际河流有关涉外事务,研究拟定国际河流有关政策,组织协调国际河流对外谈判。