科技一处 负责拟订水利科技政策与发展规划并组织实施和监督检查，组织实施重大水利科技问题研究，开展相关科技项目管理工作；组织指导水利科技体制改革，指导部属科研院所的有关工作。
科技二处 负责水利科技成果管理，组织开展水利科技奖励、技术引进、科技推广及科学普及工作，承担水利部科学技术委员会的日常工作；指导重点实验室、工程技术研究中心、野外观测站等科技创新基地的建设运行与管理。
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